传说，从古至今妖魔就潜藏在人类的世界中，人类对妖魔完全束手无策，于是求助妖魔猎人。妖魔猎人是身材苗条背着巨剑的银瞳女子，她们的身体里混有妖魔之血，可算是半人半妖。因背着巨大的剑，人们故而称呼她们为大剑。本作故事正是围绕着大剑中的一员克蕾雅和人类少年拉基，以及其他大剑成员的相遇相知而展开的冒险故事。

以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……

“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……

“这怨恨，将带你落入地狱！”在青少年中流传着这样一个传说，有一个名叫“地狱通信”的网站，它只能在凌晨零点整链接成功，如果你的心中怀有足够的恨意，就能召唤出地狱少女，她会惩罚带给你痛苦的那个人，但同时，你也将永远背负上死亡的烙印，当你的生命结束之时，你将被流放到仇人所在的地狱之中。阎魔爱（能登麻美子配音）表面上只是一个普通的少女，但她的另一个身份，即是可怕的地狱少女。当她接到网站委托时，便会沐浴更衣，带上代表契约的稻草人和三个随从——轮入道（菅生隆之配音）、骨女（本田贵子配音）以及一目连（松风雅也配音）前往人间行使她的使命。她是谁？她带来的到底是救赎还是毁灭？这个充满罪恶物欲横流的世界里所隐藏着的秘密，被阎魔爱殷红的双眸尽收眼底。

出生在通灵世家的麻仓叶（佐藤佑子配音），从小就被爷爷教导成为了一名通灵人。通灵人，即可以和神、精灵乃至往生者自由沟通，且借由这些神灵的能力来治疗或是破坏。这种能力被很多人所渴望拥有。从爷爷那，叶得知如果能从通灵王大赛中脱颖而出并胜出，即能得到精灵王，从而实现自己的任何愿望。一直信奉“船到桥头自然直”的叶也立下了志愿，朝着通灵王之路前进。为了寻找自己的持有灵，叶转学来到了踏张之丘，认识了小山田万太（犬山犬子配音），并迅速和他成为了朋友。后又结识了同样志向成为通灵王的木刀之龙（田中正彦配音）。因一次意外，叶得到了他的持有灵——600年前的武士阿弥陀丸（小西克幸配音）。因而正式踏上了通力王之路。随后叶的未婚妻恐山安娜（林原惠美配音）等也悉数登场。通灵王比赛也日渐来临……

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

曾经被称为纽约的城市，仅仅一晚便消失无踪。出现在那里的城市“赫尔沙雷姆兹·罗特”。在浓雾的另一侧展开，连结“异世界”与现世的这一地区，变化成了各怀心思的人们所跋扈的“地球上最危险的城市”。为了保护这座混沌之城的均衡，持续着不为人知的活动的人们。以使用布雷格利德流血斗术的强硬绅士克劳斯·V·莱因赫兹为首领，面带伤疤的克劳斯的左膀右臂史蒂芬，银发不良扎普·伦弗洛与半人半鱼的齐德，不可视的人狼钱·皇与独眼的淑女K·K。以及拥有“诸神的义眼”的青年雷欧……。当骚动发生之时，秘密结社·莱布拉必定会现身。响彻小巷子里的狂乱与邪恶的怪物们。深爱的深渊与不断重复的灾变。不会结束的家常便饭现在再次开幕。并且，去往更加遥远的Beyond……

相原琴子（水树奈奈配音）是一个各方面都非常普通的女子高中生，刚刚升上高中的时候，她对在学校有着极高人气的校草级帅哥入江直树（平川大辅配音）一见钟情，而如今已经是一名准毕业生的她和直树之间依然有着非常遥远的距离。难道这样的状况要一直持续到毕业吗？焦急的琴子不管不顾的递出了情书。没想到，直树连看没看就残酷的拒绝了琴子的表白。失落的琴子回到家中，当晚发生了大地震，琴子的家在地震中毁于一旦。父亲重雄（岛田敏配音）将琴子托付给了自己的好友，没想到这名好友居然就是直树的父亲！就这样，琴子和朝思暮想的直树开始了同居生活，而在朝夕相处中，直树是否会对琴子的印象有所改观呢？

森川由绮（平野绫配音）是隶属于绪方事务所的大学生偶像歌手，外表可爱歌声甜美的她在社会上拥有着高超的人气。由绮有着一个从大学时代开始交往的男友，名叫藤井冬弥（前野智昭配音），对于他们之间的感情，由绮分外的珍惜和看重。可惜冬弥却并不这么认为，对于女友日益高涨的人气，生性胆小懦弱的冬弥感到了分外的压力，两人之间开始有了深深的隔阂。和由绮同一事务所的绪方理奈（水树奈奈配音）出现在了冬弥的视线中。和由绮不同，理奈拥有着时尚的外形，个性也颇为要强，但正是这样的不同吸引了冬弥的目光。与此同时，开朗活泼的泽仓美咲（高本惠配音），幼齿天真的观月麻奈（户松遥配音）亦结连出现在了冬弥的身边，陷入情感漩涡的冬弥不知该何去何从。

“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForceII（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。