故事发生在繁荣昌盛的尼罗河畔，在天神荷鲁斯（尼古拉·科斯特-瓦尔道 Nikolaj Coster-Waldau 饰）的和平统治之下，百姓们安居乐业，生活在一片祥和之中。然而好景不长，邪恶的黑暗之神赛特（杰拉德·巴特勒 Gerard Butler 饰）利用阴谋诡计夺走了荷鲁斯的王座和双眼，将他驱逐囚禁，赛特生性残暴而好战，很快，整个国家陷入了混乱之中。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。

艾德娜（罗苹·纳文 Robyn Nevin 饰）虽然年事已高但一直过着独居生活。一天，她的女儿凯（艾米莉·莫迪默 Emily Mortimer 饰）和孙女山姆（贝拉·希思科特 Bella Heathcote 饰）接到了警方的来电，告知了她们艾德娜失踪的消息。震惊之余，两人急急忙忙的赶回了祖宅。