此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……

世界的崩溃开始了。

故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶（木村昴配音）、高仓晶马（木村良平配音）兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬（荒川美穂配音）。有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，然而医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发现妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发现倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，不久后他们收到了一份奇怪的包裹，打开后竟然发现里面有三只谜样企鹅。这三只企鹅憨态可掬，除了他们，外人都看不见这些企鹅。这一切究竟是怎么回事，命运的齿轮又会如何转动？

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴走。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。

动画「魔法少女大战」原本是由御宅向情番组「2.5次元电视」制作的多媒体企划，曾在P站征集过一批魔法少女的人设，征集时要求以日本的各都道府县的当地风俗、名特产为原型，创作当地的魔法少女形象。因为日本有47个都道府，因此魔法少女也有47位。另外，除了动画「魔法少女大战」还将发售周边包，iOS平台的3D游戏等等

小杰富力士（潘惠美 配音）自幼失去双亲，由婶婶抚养长大，自由的大海和幽深的森林培养了他得天独厚的敏锐和豁达。长大后的小杰偶然得知，自己的父亲并没有死亡，并且留给了他一个任务，这个任务就是：成为“猎人”，然后找到他。“猎人”，那个时代最风光的职业，经过层层挑战千挑万选，只有最最优秀的人才能够获得猎人执照，而有了这张执照，便可以在这个凶险的世界里更自如的生存下去。为了追随父亲的脚步，小杰上路了。这一路暗礁重重，但是小杰凭借自己的本能结识了优秀的朋友，志愿成为医生的雷欧力（藤原启治 配音），最后一个窟卢塔族酷拉皮卡（泽城美雪 配音），还有他这辈子最重要的同伴奇犽（伊濑茉莉也 配音）。此外，那宿命中的敌人们也出现了——幻影旅团。